A diferencia de las Diputaciones de régimen común, la organización política de los tres territorios históricos vascos gira en torno a dos instituciones históricas: las Juntas Generales, máximo órgano de representación y participación popular, y la Diputación Foral, órgano ejecutivo que asume el gobierno y administración del territorio foral.

Las Juntas Generales de Álava se encuentran integradas en la actualidad por 51 procuradores y procuradoras elegidas por sufragio universal y directo en las elecciones forales que se celebran cada cuatro años simultáneamente con las municipales. De entre las diferentes opciones políticas la población alavesa elige a sus representantes por las tres circunscripciones de Álava, que quedarán organizados por grupos junteros en la Cámara Foral.

Su organización y funcionamiento es similar al de cualquier otro sistema parlamentario, ostentando las Juntas Generales la competencia normativa, la aprobación de los presupuestos generales del Territorio Histórico, la elección, de entre sus miembros, del diputado o diputada general y el control e impulso de la actuación de la Diputación Foral.